UCLAで文化人類学を学び、ヤキ・インディアンの呪術師ドン・ファン・マトゥス（カチョーラ・ギッティメア Cachora (Kachora) Guitimea）の下で修行と著作で記述される。その著作には、呪術師との哲学的な対話や薬草を用いた意識の変容体験等が、社会学や人類学のフィールドワークを下敷きにした、生き生きとしたルポルタージュの様式によって描かれている。公式な場面に姿を見せなかったため、謎が多い作家としてさまざまな推測を生んだ。『魔女の夢』フロリンダ・ドナー（日本教文社）と、タイシャ・エイブラー (Taisha Abelar) の著書 The Sorcerer's Crossing に序文を書いている。
カルロス・カスタネダの一連の著作は、呪術師ドン・ファンの実在性について大きな論争を巻き起こした。ドン・ファンは実在の人物ではなく、哲学的パフォーマンスよって演じられた架空の人物ではないかとの推測もなされている。またカルロス・カスタネダの最初の妻 Margaret Runyan Castaneda は著書 My Husband Carlos Castaneda で、カスタネダの著作に書かれているような話は物理的事実としては存在しないとしている。ともあれ、ドン・ファンを通して語られた非西欧的な知恵は読者を魅了し、アメリカ合衆国を中心として世界に広がったカウンターカルチャー全般、とりわけスピリチュアリズム、ニューエイジ運動などに影響を与えた。その背景には、ビートニク世代から受け継がれた禅や道教といった東洋思想への関心や、「他者の思想」によって西欧中心の世界観を反省しようとする人類学的な思想背景があった。
一連の著作のインパクトは実に幅広い分野に及んでいる。カスタネダの著作は、例えば日本では最初哲学者の鶴見俊輔によって紹介され、社会学者の見田宗介（真木悠介）によって比較社会学やコミューン研究の立場から読解がおこなわれた。フランスでもジル・ドゥルーズとフェリックス・ガタリの共著『千のプラトー』で引用され、スピノザ哲学やアントナン・アルトーの文学実践とともに、鍵概念である「器官なき身体」を導く例として大きな問題を提起した。ドゥルーズとガタリは「カスタネダの本を読んでいくうちに、読者にはドン・ファンというインディアンの実在性が疑わしくなり、他にも多くのことが疑わしくなる。しかし結局それは、まったくどうでもよいことだ。カスタネダの本が民俗誌学というよりは諸説の混沌とした記述であり、秘技伝授についての報告というよりは、実験の定式であるとしたら、なおさらいいのだ」と述べている[1]。また日本の宗教人類学者、中沢新一は、ハロルド・ガーフィンケルによる微視社会学のメソッド「エスノメソドロジー」をアレゴリー化し、「西欧の近代知に内属する人類学的思考の限界をつきぬけようとした」実践例であると述べる[2]。
初期の著作はポストモダン人類学や宗教現象学の実例として大きな話題を呼んだが、後年カスタネダ自身が自ら体得した知恵を紹介し始めたことから、ネオシャーマニズムのリーダー的存在と見なされるようになっていった。心理療法家のアーノルド・ミンデルはその著『シャーマンズ・ボディ』でカスタネダの示したメソッドを発展的に紹介している。日本では宗教人類学者の永沢哲が、こうした文脈の中でカスタネダを評価している。また、精神主義的なニューエイジ運動に距離をとっている芸術家たちの多くも影響を公言している。たとえば、作家のよしもとばなな、音楽家の細野晴臣もカスタネダの著作を愛読書として挙げているほか、漫画家の藤原カムイの初期作品に影響が見られる。おなじく外薗昌也の漫画『ワイズマン』は直接の影響関係にある。元格闘家の須藤元気が自身の著作で『呪術師と私』を紹介したことから再び注目されている。
1998年4月27日にロサンゼルスにて肝臓癌で死亡したとされているが、彼の死については情報が少なく正確なことはわかっていない。
